인턴일지🥕 MIMIC-III 0. 데이터 권한 얻기 ( Using Clinical Notes with Time Series Data for ICU Mana

인턴을 지원했고 교수님이 연구 시작 전 세미 과제처럼 내주신 논문을 직접 실행해보기로 했다.

arxiv.org/pdf/1909.09702.pdf

교수님이 논문과 코드를 함께 보내주셨다.

무작정 코드를 따라해 보려하는데 처음에는 코랩에서 시도해도 안되고 로컬에서도 안돌아가서 뭔가 이상한데..? 싶었다.

역시 이번에도 이상한 것은 나였다 ^.^

 

 

이 코드를 실행하는데 계속 에러가 나는 거다..

대체 뭐냐;;;하다가 알고보니 mimic-iii(mimic3) 데이터는 따로 다운받아야 하는 것이었다.

아무래도 연구 논문 주제가 중환자실 데이터를 이용하다보니 데이터 사용시의 교육을 받고 승인 절차를 따라서 데이터를 제공받았다.

참고한 사이트는 아래와 같다.

www.notion.so/2-2-ad9d27f8044a46a4af2a9bf4754511cd

2.2 - 데이터 접근 권한 얻기

www.notion.so/2-3-7ea7cfafd8af4e5087ff5c258a38d413

2.3 - 데이터 다운로드

위 두개의 글을 참고하여 논문에 필요한 데이터를 다운받았다. 

 

4일에서 길게는 4주정도 소요된다고 하는데 나는 주말끼고 한 5일 정도 걸렸던 것 같다.

승인을 받으면

 

 

메일이 온다. 

 

 

링크 가장하단에 Files에서 다운로드, 클론등을 할 수 있다.

일단은 로컬이나 코랩에서 사용할 예정이어서 가장 아래 터미널로 다운, colab에 다운을 시도해보려고한다. (엄청 오래걸린다)