컴공생 C

두괄식 전개 이걸 보려고 저 파일 생성 코드를 3번이나 날려먹었다 이말이야! 그것은 ,, 자랑은 아니지만 어쨌든 오늘안에 결과 보기 성공 유야호~ 오늘은 천사를 만난날이야~ 인턴 사수분이 너무 친절하셔서 다행이다 아니먄 나를 무능한 인턴으로 해고했을지도 모른다 흑흑ㅎ 이걸 내일 보내드려야지 무야호 처음에 안됐던 원인 ] evaluate.py 파일안의 경로명이 절대경로로 되어있음

이미지를 여전히 변환하고 있다.10만개가 넘으니까 진짜 오래걸린다 예상시간 84시간 제정신인가요 휴먼?으겔겔..일단 일부를 돌려봐야할 것 같은데.. 무튼 전처리 쪽을 하고있다 요즘여러모로 생각해 보았을 때 사용하기로 한 column 값은['Diastolic blood pressure','Heart Rate','Mean blood pressure','Oxygen saturation','Respiratory rate','Systolic blood pressure']이렇게 6가지 이다. csv파일을 만들때는 위의 6개 + time을 만들었는데 time은 필요없을 것 같다. 애초에 시간에 따른 환자의 수치 변이가 더 중요한 요소일 것이다.그래서 각 pid, eid의 column 별 이미지를 만들어서 pid_ei..

자 지금까지 한 일을 정리해보자. 일단 CNN모델을 만들어야하는데 인풋 사이즈를 맞춰주는데서 어려움이 있었다. 사이즈는 (64,64,3) 사이즈로 받고 6개 column에 대한 다중채널 모델을 만들려고 했는데 음.. 사이즈에 대한 에러가 많이 났다. 1차적인 문제는 사이즈였는데 그래서 여러모로 조정을 했는데 또 다른 문제는 이미지 ->>nparray 로 변환하는 과정이 오래걸리고 이게 끝나야 이미지 사이즈를 넣어볼 수 있다. 그럼 이 과정을 줄이는 방법은 가장 단순한 방법은 이미지를 바꾼 nparray를 txt에 저장하고 이걸 불러서 쓰려했다. 사실 이 과정 상에는 문제가 없는데 코랩에서 이미지->nparray 변환을 하고 저장을 하면 사용가능한 램이 어쩌구 저쩌구해서 세션이 종료되어 버렸다ㅜ 그래서 이..

1. 이미지 전처리를 마저 해봅시다 기존의 데이터는 결측치를 비워둔 채로 이미지로 변환해서 다음과 같이 공백이 적나라하게 드러났다. 이렇게 이미지 부분에 바로 흰 공백이 생겨서 아무래도 따로 처리를 해야될 것 같다는 생각을 하긴했다. 하지만 다음주가 중간고사 였고 일단은 저 상태로 놔두었다. 오늘은 이를 바탕으로 결측치를 메꾸는 작업을 했다 pyts 참조 https://pyts.readthedocs.io/en/latest/generated/pyts.preprocessing.InterpolationImputer.html 이 때 발생한 에러는 어렵지 않았는데 모듈이 없다는 에러, 그리고 사이즈가 맞지 않는다는 에러였다. 이상했던 점은 '2개 필요한데 넌 하나밖에 안줬어~' '아 오키 하나더줄게 ㅎ' ... ..

Users/kahyun/miniforge3/envs/snu/bin/python3: Error while finding module specification for 'extract_notes.py' (ModuleNotFoundError: __path__ attribute not found on 'extract_notes' while trying to find 'extract_notes.py') 오류 해결법 python3 -m extract_notes.py 에서 .py 지우기

따라한 코드는 github.com/YerevaNN/mimic3-benchmarks YerevaNN/mimic3-benchmarks Python suite to construct benchmark machine learning datasets from the MIMIC-III clinical database. - YerevaNN/mimic3-benchmarks github.com 1. git clone 2. MIMIC-III CSV에서 각 SUBJECT_ID 별로 폴더 생성해 파일로 저장. ICU stay information: data/{SUBJECT_ID}/stays.csv diagnoses : data/{SUBJECT_ID}/diagnoses.csv events : data/{SUBJECT_ID}/e..

인턴을 지원했고 교수님이 연구 시작 전 세미 과제처럼 내주신 논문을 직접 실행해보기로 했다. arxiv.org/pdf/1909.09702.pdf 교수님이 논문과 코드를 함께 보내주셨다. 무작정 코드를 따라해 보려하는데 처음에는 코랩에서 시도해도 안되고 로컬에서도 안돌아가서 뭔가 이상한데..? 싶었다. 역시 이번에도 이상한 것은 나였다 ^.^ 이 코드를 실행하는데 계속 에러가 나는 거다.. 대체 뭐냐;;;하다가 알고보니 mimic-iii(mimic3) 데이터는 따로 다운받아야 하는 것이었다. 아무래도 연구 논문 주제가 중환자실 데이터를 이용하다보니 데이터 사용시의 교육을 받고 승인 절차를 따라서 데이터를 제공받았다. 참고한 사이트는 아래와 같다. www.notion.so/2-2-ad9d27f8044a46a..